Аннотация. Клеточное старение (сенесценция) представляет собой необратимую утрату способности к пролиферации при сохранении жизнеспособности и метаболической активности клетки. Этот процесс сопровождается формированием провоспалительного секреторного фенотипа, ассоциированного со старением (SASP), который способен оказывать повреждающее воздействие на окружающие ткани и организм в целом. Накопление сенесцентных клеток в тканях способствует ускорению возрастных изменений организма и развитию сопутствующих патологий, а также оказывает влияние на различные физиологические процессы, включая эмбриональное развитие, заживление ран, рост опухолей и регуляцию иммунного ответа. Сложность процесса старения обусловлена многообразием его механизмов, потенциальной обратимостью и гетерогенностью. В области экспериментальной геронтологии особое внимание уделяется выявлению патогенных модуляторов, регулирующих образование и накопление сенесцентных клеток, и исследованию их влияния на функциональное состояние тканей. Особый интерес представляет выявление новых молекулярных механизмов, участвующих в регуляции процессов клеточного старения. Основные патогенно опосредованные молекулярные пути включают p53-опосредованное старение и путь p16INK4a/pRb, а также неканонические механизмы, такие как IFIH1-MAVS, которые вызывают окислительный стресс, повреждение ДНК, активацию SASP и другие клеточные нарушения. В данной работе проводится анализ влияния вирусов и бактерий на процессы клеточного старения с основным акцентом на индукцию сенесценции in vitro. Представлен всесторонний обзор регуляторных механизмов, посредством которых бактерии и вирусы инициируют старение клеток. Описаны генетические варианты, которые обусловливают предрасположенность к инфекциям, что, в свою очередь, влияет на патоген-индуцируемые процессы старения. Кроме того, систематизированы и проанализированы маркеры, применяемые для идентификации сенесцентных клеток. Исследование молекулярных механизмов клеточного старения открывает возможности для создания целенаправленных и эффективных терапий. Эти стратегии могут избирательно активировать старение в раковых клетках, подавлять его для замедления возрастных заболеваний или комплексно регулировать процессы старения для оптимальных результатов.
Ключевые слова: старение; вирусы; бактерии; патогенные модуляторы
Для цитирования: Симороз Е.В., Антонов Е.В., Муравьев Г.С., Василевская Е., Рогаев Е.И. Патогенные модуляторы клеточного старения. Вавиловский журнал генетики и селекции. 2026;30(5):713-724. doi 10.18699/vjgb-26-72
Финансирование. Работа А.Е.В., М.Г.С. и В.Е. была финансирована федеральной территорией «Сириус». Соглашение 18-03, проект MB-BFT-2403.
Благодарности. Мы благодарим платформы BioRender.com и Illustrae, с помощью которых были сделаны схематические рисунки.

Аннотация. Ключевым структурно-функциональным элементом, обеспечивающим стабильность генома большинства эукариот, являются теломеры – специализированные нуклеопротеиновые комплексы на физических концах линейных хромосом. Одна из важнейших характеристик теломер, определяющих их защитный потенциал, – длина теломерной ДНК. У растений Arabidopsis thaliana она варьирует среди экотипов, что может указывать на роль теломер в адаптации к различным условиям окружающей среды и стрессу, включая воздействие фитопатогенов. Однако механизмы регуляции длины теломер при биотическом стрессе остаются неизученными. В статье представлены результаты исследования зависимости длины теломер A. thaliana от инфицирования фитопатогенным штаммом Pseudomonas syringae pv. tomato DC3000. В работе использовались природные экотипы растений Col-0 (средняя длина теломер) и Sf-2 (длинные теломеры), а также мутантные линии с нарушением регуляции длины теломер и с теломерным фенотипом дикого типа, oli5-2–/– и nop2c-2–/– соответственно. Установлено, что восприимчивость к фитопатогену различается у растений разных генотипов: линия oli5-2–/– с короткими теломерами проявляла наибольшую чувствительность, в том числе по сравнению с диким типом и линией nop2c-2–/–, в то время как растения экотипа с длинными теломерами Sf-2 отличались наибольшей устойчивостью. Значимое укорочение длины теломер на третьи сутки после инфицирования было обнаружено на коротком плече хромосомы 4 у инфицированных растений линии nop2c-2–/–, тогда как длина теломер инфицированных растений oli5-2–/– незначительно сокращалась на третьи сутки и возрастала на седьмые сутки после инфицирования, что указывает на динамичность регуляции длины теломер при стрессе. Длина теломер растений дикого типа значительно не изменялась при инфицировании. Наиболее устойчивая линия Sf-2 сохраняла длину теломер на третьи и седьмые сутки после инфицирования, но на 18-е сутки происходило значительное укорочение теломер. Таким образом, впервые показано, что фитопатогенная инфекция влияет на длину теломер у растений, что открывает новое направление в изучении их регуляции при биотическом стрессе.
Ключевые слова: теломеры растений; стабильность ДНК; биотический стресс; бактериальная инфекция; рибосомные белки; метилтрансфераза рРНК; фитопатогены
Для цитирования: Санникова А.В., Абдулкина Л.Р., Шарипова М.Р., Валеева Л.Р. Изменение длины теломер растений Arabidopsis thaliana в результате инфицирования фитопатогенными бактериями Pseudomonas syringae DC3000. Вавиловский журнал генетики и селекции. 2026;30(5):725-734. doi 10.18699/vjgb-26-73
Финансирование. Работа выполнена в рамках программы стратегического академического лидерства «Приоритет-2030».

Аннотация. Представлены результаты молекулярно-цитогенетического исследования семи видов Picea, распространенных на территории Евразии и Восточной Азии, методом флуоресцентной гибридизации in situ (FISH) и флуоресцентного окрашивания DAPI. Кластеры рибосомных генов 45S и 5S рРНК на хромосомах P. meyeri и P. purpurea картированы впервые, P. abies, P. obovata, P. schrenkiana, P. crassifolia, P. omorika изучались из новых местопроизрастаний. Все виды показали сходное распределение локусов 5S рДНК на обоих плечах крупной метацентрической хромосомы III: более интенсивный сигнал наблюдался на длинном плече, частично перекрываясь с сигналом 45S рДНК, минорный сайт 5S рДНК был локализован терминально на коротком плече. Сигналы 45S рДНК разной интенсивности были выявлены на 7–9 парах хромосом в кариотипах исследуемых видов. Яркие (мажорные) сигналы локализованы интеркалярно и совпадали с постоянными вторичными перетяжками. Их количество на гаплоидный геном составило: у P. omorika – 8, у P. abies и P. obovata – 6, у P. schrenkiana, P. crassifolia, P. purpurea и P. meyeri – 5. Выявлено также несколько минорных сайтов 45S рДНК на хромосомах Picea, не описанных ранее в литературе. Добавочные (В) хромосомы, обнаруженные у некоторых проростков P. obovata, P. meyeri и P. purpurea, не несли локусов рибосомных генов 45S и 5S рРНК. На хромосомах ели наблюдались интенсивно флуоресцирующие DAPI-позитивные полосы в интеркалярных районах, а у некоторых хромосом окрашивалась также область центромеры. На хромосомах I, III и X пар удалось выявить несколько постоянных позитивных DAPI-блоков, имеющих сходную локализацию у всех изученных видов. FISH с зондами 45S и 5S рДНК в сочетании с окрашиванием DAPI позволяет идентифицировать практически все гомологичные пары хромосом и провести сравнение кариотипов разных видов ели. Обсуждается внутри- и межвидовое кариотипическое разнообразие в роде Picea на основе распределения локусов 5S и 45S рДНК и рисунка DAPI.
Ключевые слова: хромосома; кариотип; FISH; 45S рДНК; 5S рДНК; окрашивание DAPI; Picea
Для цитирования: Горячкина О.В., Бадаева Е.Д., Щербань А.Б., Муратова Е.Н. Молекулярно-цитогенетический анализ некоторых видов Picea из Евразии и Восточной Азии. Вавиловский журнал генетики и селекции. 2026;30(5): 735-746. doi 10.18699/vjgb-26-74
Финансирование. Работа выполнена в рамках базового проекта ИЛ СО РАН № FWES-2024-0028 «Биоразнообразие лесов Сибири: эколого-динамический, генетико-селекционный, физико-химический и ресурсно-технологический аспекты».
Благодарности. Авторы благодарят чл.-кор. РАН проф. Е.А. Салину, к.б.н. Е.М. Тимонову и н.с. Т.Н. Капко (ИЦиГ СО РАН) за помощь в работе; к.б.н. Н.В. Орешкову (ИЛ СО РАН) за помощь в выделении ДНК L. sibirica; к.б.н. А.Б. Безделева (Океанариум ДВО РАН), к.б.н. И.Н. Тихонову (ИЛ СО РАН), к.б.н. Ю.В. Ткачеву (Донецкий ботанический сад) и к.б.н. О.А. Мочалову (ИБПС ДВО РАН) за предоставление образцов семян. Изоляция и клонирование пробы 5S рДНК проводились в лаборатории молекулярной генетики и цитогенетики растений Института цитологии и генетики СО РАН.

Аннотация. Получены данные об изменчивости нуклеотидных последовательностей целых митохондриальных геномов у шорцев – тюркоязычного народа Алтае-Саянского региона. У шорцев выявлен высокий уровень нуклеотидного разнообразия, обусловленный наличием в генофонде двух компонентов восточно- и западноевразийского происхождения (79.5 и 20.5 % соответственно). При этом отмечен относительно низкий (в масштабах Сибири) уровень разнообразия гаплотипов мтДНК, что связано с высокой распространенностью у шорцев некоторых одинаковых митохондриальных гаплотипов. Результаты многомерного шкалирования межпопуляционных генетических дистанций свидетельствуют о том, что шорцы занимают промежуточное положение между этническими группами Восточной Азии и коренными народами Восточной Сибири. Исследование полиморфизма целых митохондриальных геномов у индивидуумов, характеризующихся одинаковым гаплотипом гипервариабельного сегмента 1, который относится к гаплогруппе F1b1 и обнаружен у ~37 % шорцев, позволило определить 6 гаплотипов мтДНК, принадлежащих к гаплогруппам F1b1-b1 и F1b1-b2. Результаты филогеографического анализа показали, что особенностью митохондриального генофонда шорцев является высокая частота (65.9 %) гаплогрупп мтДНК, которые распространены исключительно в популяциях Алтае-Саянского региона: A-a1c1a, B4b1a3a1a, C4a1a4a1a, C4e, C5c*, D4b1a2a1a, D4m2a2, D5c1a2b, F1b1-b1, F1b1-b2, F2b1b1, H8b1a. Эволюционный возраст этих гаплогрупп мтДНК согласно результатам молекулярного датирования варьирует от 0.9 до 5.0 тыс. лет. Все указанные выше гаплогруппы мтДНК восточноазиатские по происхождению, за исключением западноевразийской H8b1a. Обособленному развитию митохондриальных гаплогрупп, специфичных для народов Алтае-Саянского региона, возможно, способствовала изоляция от восточноазиатских соседей, вызванная формированием афанасьевского населения в эпоху бронзового века в результате смешения популяций коренных жителей региона и мигрантов – представителей ямной культурноисторической общности, существовавшей в Приуралье и Поволжье. В условиях отсутствия интенсивного притока дополнительных восточноазиатских гаплотипов мтДНК в течение нескольких тысяч лет в популяциях Алтае-Саянского региона, по всей видимости, произошла диверсификация уже имевшихся генетических линий восточноазиатского происхождения.
Ключевые слова: митохондриальный геном; филогеографический анализ; популяции человека; Сибирь; шорцы
Для цитирования: Малярчук Б.А., Денисова Г.А., Литвинов А.Н., Похилюк Н.В. Филогеографический анализ полиморфизма митохондриальных геномов шорцев. Вавиловский журнал генетики и селекции. 2026;30(5):747-754. doi 10.18699/vjgb-26-75

Аннотация. X-хромосомные STR-маркеры (X-STR) являются информативным инструментом для реконструкции родственных связей, особенно в случаях, когда стандартные аутосомные панели недостаточно эффективны: при реконструкции родственных отношений между полнородными сестрами, сводными по отцу сестрами, бабушкой по отцовской линии и внучкой, тетей по материнской линии и племянницей. Однако использование X-STR маркеров в ДНК-идентификации требует учета структуры неравновесия по сцеплению и использования частот гаплотипов при расчете отношения правдоподобия (likelihood ratio, LR). В настоящей работе проведена оценка генетической структуры популяций лесных и тундровых ненцев по 16 X-STR маркерам, необходимая для получения референсных значений. Исследована выборка из 504 мужчин ненцев, подразделенная на субэтнические группы (лесные и тундровые ненцы), фратрии тундровых ненцев (Харючи и Вануйто), а также географические локальные группы (индивиды, проживающие в Антипаютинской, Гыданской и Находкинской тундрах). Статистически значимые различия между выборками не обнаружены, попарные значения Fst (exact test) не превысили 0.01. Показан средний уровень генетического разнообразия, характерный для популяций коренных народов Сибири. Наиболее полиморфными в популяции ненцев оказались локусы DXS8377 (He = 0.910) и DXS10079 (He = 0.839). Тринадцать из 16 маркеров были высокоинформативными (PIC > 0.5). Суммарная исключающая способность (CPE) составила 0.99996, что указывает на высокую информативность набора при реконструкции родственных отношений. При попарном анализе структуры неравновесия по сцеплению (LD) статистически значимые отклонения выявлены для 46 из 120 пар маркеров, однако коэффициент r 2 для всех пар аллелей не превысил 0.09, что свидетельствует о слабой силе корреляции между аллелями. В статье приведены референсные значения частот аллелей и генотипов, рекомендуемые для использования в оценке отношения правдоподобия при реконструкции родственных связей. Полученные параметры позволят повысить надежность и эффективность генетической экспертизы на территории Российской Федерации.
Ключевые слова: ненцы; X-STR; ДНК-идентификация; реконструкция родственных связей; структура неравновесия по сцеплению
Для цитирования: Вагайцева К.В., Колесников Н.А., Буренкова О.М., Волкова И.А., Рузавина О.Д., Харьков В.Н., Степанов В.А. Оценка генетических показателей, влияющих на надежность и эффективность реконструкции родословной в популяциях лесных и тундровых ненцев, при использовании X-STR маркеров. Вавиловский журнал генетики и селекции. 2026;30(5):755-760. doi 10.18699/vjgb-26-76
Финансирование. Исследование выполнено за счет гранта Российского научного фонда (https://rscf.ru/project/ 23-74-10058/).

Аннотация. Городище Фанагория, расположенное на территории Таманского полуострова, представляет собой уникальный объект археологического наследия. История древнего города охватывает около 15 веков, что делает Фанагорию свидетелем многих исторических событий, в том числе имеющих отношение к ранней истории древнерусского государства. Раннесредневековый период истории Фанагории представляет особый интерес в связи с ее недостаточной изученностью. Работами Фанагорийской экспедиции Института археологии РАН в содружестве с Музеем-заповедником «Фанагория» были изучены культурные напластования города VII–X вв. Этот период существования урбанистического центра тесно связан с историей Хазарского каганата и завершается гибелью города в результате вражеского нападения. В ходе раскопок обнаружены скелетные останки людей со следами насильственной смерти. Антропологический анализ выявил монголоидные особенности этих индивидов. В данной работе представлены результаты анализа полногеномных последовательностей из останков трех индивидов из культурного слоя хазарского времени с использованием биоинформатических методов. Для двух индивидов проведено радиоуглеродное датирование. Благодаря высокому покрытию митохондриальной ДНК (от 43- до 96-кратного), подтвержден низкий уровень контаминации и определена гаплогруппа митохондриальной хромосомы. Установлена аутентичность древней ДНК и определены пол индивидов и гаплогруппа Y-хромосомы. Популяционный анализ проведен методом PCA, анализ предковых компонентов – методом ADMIXTURE и анализ корреляции частот аллелей – методом f3-статистики. Анализ полногеномных данных трех образцов показал генетическую близость исследованных индивидов с современным тюркоязычным населением Центральной Азии, а также с раннесредневековыми группами кочевников Евразийской степи, венгерских авар и монголов. Анализ главных компонент показал присутствие в геномах изученных образцов азиатских и европейских генетических компонентов. Наше исследование позволяет сделать вывод, что генетический профиль изученных индивидов сформировался в результате смешения генофондов выходцев из восточных районов Евразийской степи и населения Западной Евразии. Азиатские компоненты родственны таковым у средневековых групп монголов и авар.
Ключевые слова: древняя ДНК; геном; палеоантропология; Фанагория; параллельное секвенирование; Хазарский каганат
Для цитирования: Окованцев В.С., Манахов А.Д., Рождественских Е.В., Храпов С.Е., Добровольская М.В., Свиркина Н.Г., Остапенко С.Н., Кузнецов В.Д., Андреева Т.В., Рогаев Е.И. Геномные профили жителей Фанагории хазарского времени. Вавиловский журнал генетики и селекции. 2026;30(5):761-774. doi 10.18699/vjgb-26-77
Финансирование. Работа поддержана грантом по государственной программе федеральной территории «Сириус» «Палеогенетика Краснодарского края», Соглашение № 18-03 от 10.09.2024, код проекта GEN-BFT-2407 (В.С.О., А.Д.М., Е.В.Р., С.Е.Х.).

Abstract. Rapid progress in both molecular diagnostics tools and targeted therapy for cystic fibrosis (CF) requires clear understanding of CFTR mutation spectrum in population constantly living in any large region of any country. There are still no published results of comprehensive genetic study of CF patients from the Yugra region (Western Siberian part of Russia). Three-step molecular genetic approach was used for gDNA samples derived from a group of 54 CF patients living in the Yugra region: (1) AFLP/RFLP was used for the panel of 35 major CFTR mutations; (2) NGS, for full sequencing of exons and exon-intron boundaries of CFTR gene; and (3) the MLPA technique, to search for large gene rearrangements. The search of major CFTR mutations in multiethnic Yugra population accounted for only 76.6 % of all CF-causing mutations. Most common were variants F508del (rs113993960), 1677delTA (rs121908776), CFTRdele2,3, E92K (rs121908751), R1066C (rs78194216). Genomic DNA samples from 19 CF patients from the tested group in which only one mutant allele was identified were analyzed by the NGS approach followed by MLPA. This allowed to reveal 19 rare pathogenic CFTR variants, including five new variants absent in CF mutation databases. Generally, three-tier molecular genetics approach applied for the first time for a Yugra-originated cohort of CF patients allowed to find 12 missense mutations, 9 nonsense ones, 6 in/dels, 4 splice-site variants, 1 CNV. Three alleles remained unidentified. Deciphering the genetic background for CF patients living in Yugra allowed to support rational administration of CFTR modulators with profound clinical effect. The need to develop a region-specific testing panel for common CFTR mutations is demonstrated.
Key words: cystic fibrosis; CFTR gene; common and rare mutations; KHMAO-Yugra
For citation: Donnikov M.Yu., Morozkina A.V., Kovalenko L.V., Donnikova N.A., Mescheryakov V.V. Analysis of CFTR mutation spectrum in Yugra region (Russian Federation). Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii=Vavilov J Genet Breed. 2026;30(5):775-781. doi 10.18699/vjgb-26-78
Funding. The study was conducted with the financial support of the Fund of Scientific and Technological Development of Yugra (scientific project # 2023-574-05).
Acknowledgements. We deeply appreciate the aid of pulmonologist Natalya Satsuk from Nizhnevartovsk Regional Children Hospital in data retrieval from the Regional CF Patients Registry.

Аннотация. Несмотря на значительные успехи в исследованиях молекулярных механизмов бронхиальной астмы (БА), остаются малоизученными популяционно-генетические особенности, особенно в мультиэтнических регионах России. Актуальность изучения патогенеза астмы определяется необходимостью выявления этноспецифичных генетических маркеров для совершенствования подходов к персонифицированному прогнозированию риска развития и тяжести течения БА. Целью работы был сравнительный анализ гаплотипических комбинаций в генах IL13 (rs20541, rs1800925, rs1295686) и ADAM33 (rs2280090, rs2787094, rs44707) между этническими группами для выявления потенциальных популяционно-специфичных генетических маркеров в локусах, ассоциированных с БА. В исследовании приняли участие 524 подростка в возрасте от 12 до 18 лет из Красноярска, Кызыла и Абакана, с верифицированной национальной принадлежностью (русские – 293, тувинцы – 158, хакасы – 73). ДНК выделяли из образцов слюны с последующим генотипированием полиморфных локусов генов IL13 (rs20541, rs1800925, rs1295686) и ADAM33 (rs2280090, rs2787094, rs44707) методом ПЦР в реальном времени. Установлено, что у русских редкие варианты полиморфизмов IL13 встречаются чаще по сравнению с тувинцами и хакасами. У хакасов и тувинцев в два-три раза чаще относительно русских встречается гаплотип ATC IL13. В русской популяции значимо чаще выявлялся гаплотип GAC гена ADAM33, содержащий редкие аллели всех исследованных полиморфизмов. Полученные данные подчеркивают актуальность анализа гаплотипов и важность учета этногеографических особенностей при оценке генетических рисков развития БА.
Ключевые слова: бронхиальная астма; генетический полиморфизм; гаплотипы; популяции; IL13; ADAM33
Для цитирования: Смольникова М.В., Афоничева К.В., Милейко А.Г. Анализ распределения гаплотипов генов IL13 и ADAM33 у русских, хакасов и тувинцев в связи с риском развития бронхиальной астмы. Вавиловский журнал генетики и селекции. 2026;30(5):782-791. doi 10.18699/vjgb-26-79
Финансирование. Исследование выполнено в рамках темы государственного задания НИИ МПС № 124020100065-3 «Исследование молекулярно-клеточных механизмов регуляции иммунного ответа и взаимодействия иммунной системы с другими системами организма у жителей Восточной Сибири».

Аннотация. Хорошо известно, что патогенез многофакторных заболеваний определяется сложным и нелинейным взаимодействием генетической предрасположенности, эпигенетических модификаций и факторов внешней среды. Однако помимо унаследованных генетических вариантов, важную роль в развитии патологического фенотипа играют соматические мутации, образуя клеточно-специфичные генетические ландшафты и влияя на регионарную предрасположенность органов мишеней, возраст манифестации и вариабельность клинических проявлений. Таким образом, согласно современным представлениям, многофакторные заболевания формируются в результате совместного влияния унаследованных герминативных вариантов и соматических мутаций, приобретенных в течение жизни, взаимодействие которых реализуется через клеточно-специфичные молекулярные сети. В связи с этим в обзоре последовательно рассматриваются основные факторы, классические и современные модели сложных патологических фенотипов, а также достижения и перспективы анализа наследуемых генетических вариантов в отношении многофакторных заболеваний. Роль соматических мутаций в формировании патологии обсуждается на примере онтогенеза атеросклероза и концепции атеро-онкологии через оценку соматической вариабельности генома в гладкомышечных клетках атеросклеротической бляшки, когда последовательное накопление «драйверных» мутаций дает селективное преимущество и запускает процесс клональной эволюции в тканевом микроокружении. Отдельное внимание уделено описанию концепции «парадоминантного» наследования – особой форме неменделевской передачи сложных признаков, сочетающей унаследованную предрасположенность и соматические мутации, возникающие на ранних стадиях онтогенеза. На основе анализа современных данных нами предлагается интегративная гипотеза, постулирующая, что унаследованные генетические варианты формируют общеорганизменный фон предрасположенности к многофакторным заболеваниям, в то время как соматические мутации, возникающие и селективно увеличивающиеся в специфических клеточных компартментах органовмишеней, являются критичным событием, объясняющим топическую специфичность, временнýю динамику (возраст манифестации) и вариабельность тяжести клинического фенотипа. Новая парадигма предиктивной медицины в отношении многофакторных заболеваний основывается на комплексной характеристике континуума генетических вариантов (унаследованных и соматических), анализе их взаимодействия с клеточно специфичными молекулярными сетями и переходе от популяционных оценок риска к каузальным моделям индивидуального патогенеза.
Ключевые слова: патогенетика; многофакторные заболевания; омнигенная модель; атеросклероз; злокачественные новообразования; герминальные варианты; соматические мутации
Для цитирования: Назаренко M.С., Слепцов А.А., Пузырев B.П. Унаследованная и соматическая компоненты в патогенетике многофакторных заболеваний. Вавиловский журнал генетики и селекции. 2026;30(5):792-802. doi 10.18699/vjgb-26-80
Финансирование. Работа выполнена при частичной поддержке внутреннего гранта Томского НИМЦ «Клональный гемопоэз неопределенного потенциала как фактор риска хронической сердечной недостаточности: роль соматических мутаций и системного воспаления» и дополнения к Федеральному соглашению о субсидиях № 075-03-2026-698/7.

Аннотация. Семейная гиперхолестеринемия (СГХС) – аутосомно-кодоминантное заболевание, характеризующееся нарушением выведения липопротеинов низкой плотности из кровотока, выраженным повышением уровня общего холестерина и холестерина липопротеинов низкой плотности в крови и ранним развитием атеросклероза и сердечно-сосудистых заболеваний. СГХС является наиболее распространенным моногенным заболеванием у человека. Самые частые причины развития заболевания – мутации в трех генах: LDLR (OMIM: 143890), APOB (OMIM: 107730) и PCSK9 (OMIM: 607786). Более 80 % случаев СГХС обусловлено патогенными вариантами гена LDLR, локализованного на хромосоме 19. У 25–75 % пациентов с фенотипом СГХС патогенный вариант в указанных генах не обнаруживается. Полноэкзомное и таргетное секвенирование генов LDLR, APOB, PCSK9, LDLRAP1 было проведено у пациентов с фенотипом СГХС с последующим подтверждением выявленных вариантов секвенированием по методу Сэнгера. У трех неродственных пробандов обнаружены интронные варианты гена LDLR, для которых ранее не проводилась функциональная верификация. Целью работы стала функциональная оценка in vitro влияния трех интронных вариантов гена LDLR (NM_000527.5: c.940+3_940+6del, c.941-3C>G, c.2389+5G>A) на процесс сплайсинга с использованием генетических конструкций – минигенов. Для функциональной верификации in vitro были созданы минигены, включающие исследуемые экзоны с фланкирующими интронными областями. Анализ сплайсинга проводили в клеточных линиях HEK293 и HeLa. В результате анализа подтвержден патогенный эффект всех трех выявленных вариантов на сплайсинг пре-мРНК. Делеция четырех нуклеотидов c.940+3_940+6del приводила к образованию двух аберрантных транскриптов – включению шести нуклеотидов интрона 6, а также к полному удержанию интронной последовательности минигена. Вариант c.941-3C>G обусловливал потерю акцепторного сайта сплайсинга и активацию криптического, с включением нуклеотидов интрона 6. Замена c.2389+5G>A приводила к пропуску экзона 16. Функциональный анализ in vitro – ключевой инструмент молекулярной верификации интронных вариантов с неопределенной клинической значимостью и в совокупности с клиническими данными помогает в установлении окончательного диагноза.
Ключевые слова: семейная гиперхолестеринемия; ген LDLR; интронные варианты; минигены; функциональный анализ; NGS
Для цитирования: Данильченко В.Ю., Иванощук Д.Е., Тимощенко О.В., Панина Е.А., Орлов П.С., Шахтшнейдер Е.В. Анализ влияния интронных вариантов c.940+3_940+6del, c.941-3C>G и c.2389+5G>A гена LDLR на сплайсинг пре-мРНК с использованием системы минигенов. Вавиловский журнал генетики и селекции. 2026;30(5):803-813. doi 10.18699/vjgb-26-81
Финансирование. Исследование выполнено при финансовой поддержке бюджетного проекта № FWNR-2026-0027 Института цитологии и генетики СО РАН. Работы по генной инженерии и с клеточными линиями выполнялись на базе ЦКП клеточных технологий Института цитологии и генетики СО РАН и финансировались в рамках проекта № FWNR-2026-0024.

Аннотация. Патогенные варианты в гене SLC26A4 (solute carrier family 26, member 4) – частая причина наследственной потери слуха. Ген SLC26A4 кодирует трансмембранный белок пендрин из семейства анионных транспортеров SLC26, с преимущественной экспрессией в тканях внутреннего уха, щитовидной железы и почек. Патогенные SLC26A4-варианты вызывают несиндромальную рецессивно наследуемую потерю слуха (DFNB4) и синдром Пендреда (сенсоневральная тугоухость и дисфункция щитовидной железы). Во многих исследованиях при анализе гена SLC26A4, наряду с пациентами, у которых обнаружено два рецессивных патогенных SLC26A4- варианта (М2-пациенты) и может быть поставлен точный молекулярно-генетический диагноз, часто выявляется группа пациентов только с одним патогенным SLC26A4-вариантом (М1-пациенты), что создает диагностическую проблему. Наличие М1-пациентов может отражать не обнаруженные рутинными методами диагностики вариации числа копий (CNV, делеции/дупликации в гене) SLC26A4. Цель работы – поиск делеций/дупликаций в гене SLC26A4 методом MLPA (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification) у 13 пациентов, относящихся к коренному населению Республики Тыва (Южная Сибирь), у которых при изучении этиологии наследственной потери слуха был найден только один патогенный SLC26A4-вариант (М1-пациенты). В результате MLPA-анализа и молекулярного клонирования в образцах ДНК трех М1-пациентов из двух родственных тувинских семей обнаружен новый вариант – тандемная дупликация 12 нуклеотидов (c.1185_1196dup) в экзоне 10 гена SLC26A4, которая является внутрирамочной инсерцией, приводящей к включению четырех дополнительных аминокислотных остатков Gly-Phe-Phe-Ser (p.(Gly396_Ser399dup)) в высококонсервативном районе белка пендрин. Бóльшая часть предсказательных программ прогнозирует повреждающее воздействие варианта c.1185_1196dup на структуру и функцию белка пендрин. В пользу патогенности свидетельствует его сегрегация с патологией слуха в родословной пациентов, у которых он найден в компаунд-гетерозиготном состоянии с патогенными SLC26A4- вариантами, а также его отсутствие в контрольной выборке тувинцев и мировых базах геномных данных. Для подтверждения потенциально негативных эффектов нового варианта c.1185_1196dup (p.(Gly396_Ser399dup)) и его ассоциации с патологией слуха необходимы функциональные in vitro исследования.
Ключевые слова: потеря слуха; патогенные варианты гена SLC26A4; метод MLPA; инделы
Для цитирования: Зыцарь М.В., Данильченко В.Ю., Бондарь А.А., Орищенко К.Е., Посух О.Л. Новый вариант c.1185_1196dup (p.(Gly396_Ser399dup)) в гене SLC26A4, ассоциированный с рецессивно наследуемой тугоухостью. Вавиловский журнал генетики и селекции. 2026;30(5):814-823. doi 10.18699/vjgb-26-82
Финансирование. Исследование выполнено при финансовой поддержке бюджетного проекта FWNR-2026-0027 Института цитологии и генетики СО РАН и гранта Министерства науки и высшего образования РФ FSUS-2024-0018.

Abstract. Age-related macular degeneration (AMD) is a progressive disease that leads to blindness and is the cause of visual impairment in an aging population. Apolipoprotein E (ApoE) is one of the key proteins in lipoprotein metabolism. ApoE is expressed in the retina and is found in drusen in AMD patients. ApoE isoforms are significant genetic determinants of AMD risk (ε2 > ε3 > ε4), wherein the effects of APOE alleles vary by ethnic group. APOE genotype may also influence response to treatment. Here we examine the effect of APOE alleles on the risk of neovascular AMD and response to anti-VEGF treatment in patients from the population of Western Siberia. Genotyping of the rs429358 and rs7412 polymorphisms of the APOE gene was carried out in patients with neovascular AMD (n = 315) and the control group (n = 317) using allele-specific PCR. To assess the association of APOE alleles with treatment response, 275 patients were categorized into three groups of treatment response (good, weak, no response) after three loading injections of aflibercept. We revealed a significant association between the ε2 allele and neovascular AMD: carriers of ε2 had a 1.5-fold higher risk of AMD compared with carriers of other allelic variants (OR = 1.536; 95% CI: 1.075–2.195). The results indicate a moderate association of the ε2 allele with the development of neovascular AMD in the Russian population. However, no association was found between APOE genotype and short-term response to anti-VEGF therapy.
Key words: age-related macular degeneration; APOE; rs429358; rs7412; response to anti-VEGF
For citation: Kozhevnikova O.S., Nikulich I.F., Derbeneva A.S., Devyatkin V.A., Kolosova N.G., Fursova A.Zh. The APOE ε2 allele is associated with risk of neovascular age-related macular degeneration in a Russian cohort. Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii=Vavilov J Genet Breed. 2026;30(5):824-829. doi 10.18699/vjgb-26-83
Funding. This work was supported by Russian Science Foundation grant No. 26-25-20004.

Аннотация. РНК-интерференция – эволюционно консервативный механизм посттранскрипционной регуляции генов, представленный у всех видов живых организмов, в настоящее время актуален для многих направлений молекулярной медицины, включая диагностику и новые подходы к иммуномодуляции. В последнее время появляется все больше данных об участии внеклеточных везикул и их компонентов в контексте взаимодействия между паразитом и хозяином. Трематода Opisthorchis felineus, паразитирующая в желчных протоках человека, вызывает описторхоз, что сопровождается хроническим воспалением и рядом неблагоприятных последствий. Длительное выживание паразита, вероятно, связано с иммуномодуляцией хозяина. Однако механизм влияния везикул трематод на моноциты человека неизвестен. Целью настоящей работы было найти потенциальные гены-мишени фрагментов тРНК трематод в геноме человека и проанализировать их представленность среди дифференциально экспрессирующихся генов (ДЭГ) в транскриптоме моноцитов человека линии THP-1. В результате поиска генов-мишеней для восьми наиболее представленных фрагментов тРНК O. felineus было выявлено 1299 потенциальных генов, которые могут быть мишенями в моноцитах человека. Семь кДНК библиотек клеточной культуры моноцитов человека линии THP-1 до и после обработки выделенными везикулами взрослой особи O. felineus были просеквенированы методом парных прочтений 2×150 пар оснований (технология DNBseq, BGI, Китай), получено около 43.8 млн прочтений на библиотеку. Среди 1484 ДЭГ в моноцитах было обнаружено 159 генов-мишеней фрагментов тРНК везикул, экспрессия которых значимо менялась при обработке экзосомоподобных везикул (ЭПВ). Выявленные потенциальные гены-мишени относились к путям, связанным с регуляцией клеточного цикла и клеточной гибели (контроль целостности ДНК (M16357), переход из фазы G1 в фазу S (M2074), апоптоз (M15303) и программируемая клеточная гибель (M27436)), иммунного ответа (путь моноцитов (M4956), дифференцировка мононуклеарных макрофагов (M25144), презентация антигена через MHC-1 (M1066), процессинг антигена через протеасому (M1070)). Вероятно, фрагменты тРНК трематоды O. felineus могут вносить вклад в регуляцию этих процессов в моноцитах хозяина.
Ключевые слова: описторхоз; тРНК; экзосомо-подобные везикулы; РНК-интерференция; транскриптомика; моноциты человека
Для цитирования: Лишай Е.А., Пахарукова М.Ю. Выявление потенциальных генов-мишеней малых некодирующих фрагментов тРНК трематод среди дифференциально экспрессирующихся генов моноцитов человека. Вавиловский журнал генетики и селекции. 2026;30(5):830-838. doi 10.18699/vjgb-26-84
Финансирование. Работа выполнена при поддержке Российского научного фонда (№ 24-44-00048).
Благодарности. Биоинформатический анализ проведен с использованием вычислительных ресурсов Центра коллективного пользования «Биоинформатика» ИЦиГ СО РАН (FWNR-2026-0027).